自新冠肺炎疫情发生以来，武桂珍研究员连续奋战超200天，带领专家团队同时间赛跑、与病毒鏖战，新冠病毒诊断试剂研制成功，完成新冠病毒全基因组测序并分享全球。执笔起草《新冠病毒实验室生物安全指南》；带领团队夜以继日完成2400余份样本的基因测序工作，为溯源做出重要贡献。

　　作为中国疾控中心首席生物安全专家，主持开展新冠病毒鉴定和分离，基因组特征和流行病学研究；主持新冠病毒溯源和环境耐受力研究；主持协调抗病毒药物筛选工作。她亲率“国家队”多次向疫逆行，为多地病例确诊“一锤定音”。4月初，绥芬河告急，她毅然带领30余名专家团队，携移动帐篷负压P3实验室等仪器、耗材，辗转绥芬河、哈尔滨、舒兰等重点疫区，用精确、高效的检测数据为快速遏制当地疫情蔓延发挥了关键作用。6月中旬，北京暴发疫情，她再次带领专家在病毒病所南区搭建移动帐篷负压P3实验室，迅速开展检测，缓解北京市核酸检测压力，并检测出数例新发病例。同时，她带领团队三进新发地农产品批发市场，开展病毒溯源工作，24小时内完成相关病例和环境样本的病毒基因组测序，精准溯清病毒来源。