疫情暴发后，巩守平带领由130名队员组成的援鄂抗疫国家医疗队驰援武汉，以“此时不出手，枉费从医心”的初心与担当开启了53天的抗疫历程。医疗队在24小时内接管了同济医院中法新城院区C10西病区。病区患者病情危重，生死时速时刻上演，他做为书记、队长冲锋在前，主刀成功开展了全国首例垂危新冠患者合并颅脑出血的开颅手术、医疗队首例非负压病房为85岁老人气管插管、医疗队首例CRRT有创治疗和深静脉置管等技术。下病房、做治疗、指导抢救、疏导患者心理，他都事必躬亲。

　　医疗队物资紧缺，巩守平与管理小组提出“三先三后”原则（先群众、后党员，先一线、后二线，先护理、后临床），始终坚持群众无小事和公平公正公开的管理理念。队员们感受到家一样的温暖，称呼他为“巩爸爸”，并心无旁骛地战斗在新冠病房。在他的带领下探索并形成了六个硬核的“交二方案”，包括《新型冠状病毒肺炎状态下全麻下硬膜下血肿钻孔引流术》《大剂量维生素C治疗新冠肺炎方案-早期、足量、短程、联合的八字原则》《疑似及确诊新冠肺炎患者气管插管流程及应急预案》《创新应用托珠单抗、大剂量丙球、联合CRRT三联疗法治疗高龄新冠肺炎患者复发CRS》《两群双轨分层四段全方位医学人文关怀方案》《中药穴位贴敷治疗新冠肺炎》等，在第一时间向社会公布，以大医大义的精神贡献了“陕西智慧”。

　　作为临时党支部书记，听党话跟党走，始终落实关口前移，抢先一步的工作要求。开设并主讲战地党课，从“红旗渠精神”“医路同行战疫情 不破楼兰终不还”到“白衣执甲 共克时艰”，把党建工作与高效救治工作双向融合，同频共振。坚持严肃政治纪律、严格关键程序、严把质量关口的三严原则，火线接收预备党员32名，确定发展对象17名。巩守平及医疗队事迹先后在新华网、央视网、人民网、光明日报、人民日报等媒体纷纷报道。3月20日和3月23日，央视新闻联播和朝闻天下分别做了专题报道。