在此次新冠肺炎疫情防控工作中，马昕同志以高度的责任感和使命感，带领医疗团队在疫情防控阻击战中挺身而出、靠前指挥，自1月20日起就连续奋斗，运用丰富的医疗质量与安全管理经验，部署发热门诊流程改造、协调一线人员值班安排、医务人员防护培训、院内感染防控、防护物资调配、援鄂医疗队动员派遣等等各项工作，确保各条战线扎实工作、守土有责、经受住重大考验。自2月4日奔赴武汉以后，马昕同志担任华山医院4批次医疗队共计273名队员的总指挥，他每日不知疲倦地在4个支援医院轮番奔走、全情投入。在武昌方舱医院，他被任命为方舱医院副院长，带领团队克服了诸多困难，由华山医院医疗队牵头制定整个武汉方舱医院的院感流程。

　　武昌方舱医院实现了最早投入使用、最早在患者中成立临时党委、最早有患者出院、最后一个休舱等一系列武汉方舱之“最”，并获得了国家抗疫先进集体。在武汉同济医院光谷院区，他通过统筹管理、多医院多学科充分协调整合，重症患者治疗成绩在整个武汉市遥遥领先。孙春兰副总理、马晓伟主任多次慰问并赞扬了华山医院重症医疗团队。华山重症医疗团队、和华山重症医疗队参与的同济医院光谷院区以及院区气管插管队一起获得国家抗疫先进集体。