董健曾获国家卫计委有突出的贡献中青年专家，全国科普工作先进工作者，上海医学杰出贡献奖。上海市领军人才，上海市医学领军人才，上海市优秀学科带头人等多项荣誉称号。在中华医学会、中国医师协会、中国中西医结合学会等多个组织担任主任委员或常委、委员。以第一完成人获国家科技进步二等奖、上海市科技进步一等奖和二等奖。承担国家“863”项目、国自然等课题共28项。以第一作者和通讯作者发表文章171篇，SCI 83篇。

　　他注重学科建设，努力培养年轻医生；规范实施学科管理与各项技术的执行标准，致力于使学科居于国内同类学科的前列；主持举办三届中山骨科学术周和九届脊柱肿瘤全切国家级学习班，显著扩大了中山骨科影响力；带领团队率先开展了多节段全脊椎肿瘤整块切除手术；开展多项临床新技术并获认证；将脊柱肿瘤多学科MDT常规化；病人表扬信始终高居第一；多项专利成功转化；所做的工作被众多国家级媒体广泛报道。

　　他带领骨科党支部坚持20余年深入长三角各级医院和基层社区宣讲骨科健康知识；带领骨科团队编写腰椎间盘症科普小册子，并赠送给病人；还编创了一套腰椎保健操并录制成视频“坐久了，腰还好吗？骨科主任教你做腰椎保健操”在网上收到了良好的传播效果，点击率突破500余万。2014年，董健带领的上海中山医院骨科成为国内首个因科普成绩突出而获得国家科技进步奖二等奖的医生团队。