发布时间:2020-02-04 12:59 | 来源:较真 2020-02-02 | 查看:2221次
较真要点:
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实际上,印度学者非正式发表的论文中的结论,是其提供的数据完全得不出来的,有非常多“硬伤”。已经有多个科学家进行验证,所谓的“与HIV有近似基因片段”其实是凑巧,这些基因片段还广泛存在于其他的常见病毒中。
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1月28日,已有正式发表的科研论文指出,根据全基因组进化特色的分析,新型冠状病毒是冠状病毒进化的结果,而非人工合成。
查证者:勿怪幸 | 东京大学外科博士
阴谋论总是人们喜闻乐见的东西,但凡出了个用现有知识无法解释的新鲜东西,很快就会出现相应的阴谋论。这回的新型冠状病毒(以下简称“新冠病毒”)也不例外。
自从去年12月“新冠病毒”开始肆虐以来,社交媒体上已经出现了多个相关的阴谋论。比如“新冠病毒”是美国人的生化武器专门针对中国人的。这样的谣言很容易驳斥,因为谣言的源头是非科学界的阴谋论人士,没有什么论据,纯属臆测。
但这两天,有一则消息在中文和英文的社交媒体上疯传。
这个疯传的消息说,“印度的科学家通过基因测序,发现‘新冠病毒’有其他冠状病毒没有的基因片段,而这些基因片段跟人类免疫缺陷病毒HIV很接近”,并下结论说“这些基因片段很可能是人为合成的”。这个说法,立刻传开了。如果是人为合成的,那是谁合成的?目的是什么?顺着这个思维想下去,就会背心发凉,难道“新冠病毒”真的是人为合成的生物武器?
事实当然不是这样!
印度学者的论文还不是正式发表的学术论文,也没有经过同行评审
这个说法基于的论文被作者放在了bioRxiv的网页上[1]。这个网页专门发表一些还没有经过学术论文正式发表的科研论文,也没有经过同行评审。相当于一个让大家在论文正式发表之前或者对于不发表的论文可以一睹为快的、尝鲜式的网络数据库。
论文来自印度很知名的印度理工学院,题目叫做《2019“新冠病毒”的棘突蛋白有很不寻常的与人类免疫缺陷病毒HIV极为相似的独特的插入片段(inserts)》。
这个文章是专业论文,普通人很难读懂。我来简单解释一下。
作者拿到“新冠病毒”病毒的基因图谱(这要感谢中国科学家,第一时间分离出病毒并完成了完整的测序,然后公之于众,提供给世界各国的科学家们研究),将“新冠病毒”与其他冠状病毒进行比较,发现“新冠病毒”与其他冠状病毒的基因图谱有96%一样,只有4%不一样。
这4%大概有1200个碱基对。而这1200个碱基对所对应转录的氨基酸/多肽中,发现了4个插入片段有其他冠状病毒所没有的基因序列。再将这4个插入片段进行分析,发现它们形成的立体结构都很可能是存在于病毒表面棘突蛋白的尖端上,正是与宿主细胞最初接触的部分。作者然后拿这几个插入片段的基因序列与HIV病毒比较,结果发现它们至少跟一种HIV的基因序列非常接近。
作者于是下结论说,我们这个发现不太可能是大自然偶然产生的。
文章作者的话只说到了这里。但这无疑让人会开始联想。如果这个新病毒有其他家族病毒没有的结构,这几个结构还是帮助病毒进入宿主细胞的,还跟HIV病毒很接近,还不太会是自然的产物。这太可疑了。难道真的是人为合成的病毒?
美国科学家进行验证发现,印度论文中指出的“新冠病毒”的确有与HIV接近的基因片段,但绝不是独有的,这些基因片段还广泛存在于其他的常见病毒中
全世界都坐不住了。
美国科普网站Massive science的科普作者Dan Samorodnitsky是个前生物学家,现科学杂志撰稿人,是个极其认真的人。他找来这篇文章,用文章提供的所谓独特的,只与HIV相近的4个插入基因片段,用基因测序工具进行了再一次的研读[2]。
结果如下:
第一个插入的基因片段,的确跟HIV的某一些基因序列非常接近,但文章作者不知是无意还是有意忽视了的是,这个基因片段也存在于其他许许多多的病毒中,绝非HIV和新型冠状病毒所独有。比如,这个基因序列也存在于最为常见的链球菌中,存活在人类支气管的病毒中,还是很多种病毒都有这个基因片段。下图是他贴出来的基因测序匹配的结果,列出的是跟这第一个插入基因片段100%匹配的其他微生物。
再测第二个,情况也一样。
第二个插入片段也的确跟HIV的某一段很接近,但也存在于最为常见的疱疹病毒、青少年非常容易感染的巨细胞病毒(引起接吻病的病毒)、还有感染西红柿的病毒中。下图是第二个基因片段匹配的其他微生物。
其他两个片段也不例外。不只是存在于“新冠病毒”和HIV中,也存在很多种其他常见的病毒中,比如植物病毒黃症病毒、牛乳头瘤病毒等等。
所以,这个文章有意或者无意忽视的事实是,虽然他指出的“新冠病毒”的确有与HIV接近的基因片段,但绝不是独有的,这些基因片段还广泛存在于其他的常见病毒中。而这4个所谓的独特的插入片段,到底在这次的疫情中起到怎样的作用还是个未知数。仅凭这个就推测这个“新冠病毒”病毒是人为制造的,甚至是生物武器的阴谋论只能说想象力太丰富了。
实际上印度学者论文中的结论,是它提供的数据完全得不出来的,有非常多“硬伤”
对这个论文再仔细研读一下。
此论文的重点结论是:1.新发现的基因片段是全新的,其他冠状病毒没有,只有HIV有近似的;2.而且不太可能是自然形成的;3.这些新的结构帮助病毒进入宿主细胞,产生攻击力。
但这些结论根据文章所提供的数据完全得不出来。
1、首先,相同病毒家族间有不同的基因序列是太正常不过的事情。人类的双胞胎还有不一样的基因片段呢。
2、与HIV近似的这些基因序列非常的短,而且是在病毒最容易产生异变的区域。跟整个病毒的基因图谱相比,几乎微不足道。如果因此而说“新冠病毒”与HIV有关联,就如同说因为万里长城的某一段城墙跟另外一个城市的城墙用了类似的砖,就得出结论说万里长城跟这个城市城墙有家族关系。何况,这些片段基因序列绝不只是存在于“新冠病毒”和HIV中,还存在于大量的其他病毒中。
3、目前为止,对于“新冠病毒”的研究都没有发现“新冠病毒”有什么跟HIV接近的特质,或者有很异于其他冠状病毒的特性。最近世界各地的生物学家们的发现都很一致:“新冠病毒”的基因序列96%与其他冠状病毒一致,生物特性也基本一致。它的生物特性、临床特征、传染性,等等都与其他冠状病毒极为相似。冠状病毒的特点之一是从野生动物,比如蝙蝠,通过其他中间宿主感染到人类身体上,比如上次的非典病毒。“新冠病毒”也不例外。基因序列中这4%的差异很难说有多大意义,因为只是4%,而且还是极为容易出现变异的部位。
4、拿这所谓的4个新的插入片段的基因序列去基因库找匹配的基因,就如同拿着一段城砖去跟浩如烟海的全世界的城墙去匹配,总能找出有相似的部分。这些相似绝非HIV独有。除开上文提到的,美国华盛顿大学的基因组学和传染病学教授Trevor Bedford博士今天也做了相似的分析,结果发现这一些短的基因片段也广泛存在于其他的病毒中。甚至在多种细菌、植物、真菌、果蝇中都找到了近似的片段[3]。附图是经过简单计算机分析所发现的,与这些基因序列几乎100%接近的其他微生物的基因序列。
下图是他分析“新冠病毒”、SARS和另一种与SARS接近的冠状病毒的基因匹配结果。可以看出这三种病毒有明显的进化痕迹,许许多多的部位都在进行了变异。这也说明,冠状病毒因为变异快速的特征, 在某一部位出现与其他冠状病毒不一致,而与其他病毒接近的情形,实在是很普通而寻常的。
5、从病毒的生物特征来说,“新冠病毒”的棘突蛋白跟HIV的gp120蛋白(印度文章中提到的,就是有相似基因片段的蛋白)也没有什么关系。冠状病毒的棘突蛋白帮助病毒识别宿主细胞表面的血管紧张素转化酶的受体,进入宿主细胞。而HIV的该蛋白帮助病毒识别淋巴T细胞的CD4受体(表面抗原分化簇4受体),侵入T淋巴细胞。文章中指出的另一个HIV的蛋白是Gag蛋白,存在与病毒体内,不在表面。
所以它们的作用机制完全不同。不然的话,“新冠病毒”就能感染T细胞了,或者HIV病毒可以感染任何细胞。但目前为止,没有任何证据显示“新冠病毒”可以感染淋巴细胞,或者HIV病毒可以感染普通的细胞。
6、最重要的一点,疫情发生后,中国的科学家们快速的基因测序,已经告诉我们“新冠病毒”极大可能还是来自野生动物[4],其他欧美国家的生物学家的进一步检测也支持这一结论[5]。如果印度文章的结论能成立的话,那恐怕要全世界的生物学家们联合起来造假,或者联合起来制造生物武器灭绝人类了。
印度学者的这篇论文太草率,把“凑巧”的结论放大夸张。早有正式的科研论文指出“新型冠状病毒的全基因组进化分析,推翻了该病毒为人类基因重组技术所合成的假说”
总结一下,这个来自印度的文章得出的“不太可能是自然产生的’的结论如果不是因为草率,那就是危言耸听了。
测到的与HIV近似的基因片段既不独特,也非“新冠病毒”和HIV所独有,而且这也不是什么令人意外的事情,在浩如烟海的基因库中,找到近似的小片段的基因不是什么很罕见的事情。结论不应该是“不太可能是自然产生的”,而应该是“不过是凑巧了而已”。
有意思的是,科学界也早料到会有这样的谣言,在这个文章之前就提前出来辟谣了。1月28日《感染,基因学,进化学》杂志上发表了来自希腊的学者的研究文章[6],文章题目直接就说“新型冠状病毒的全基因组进化分析,推翻了该病毒为人类基因重组技术所合成的假说”。 论文说,根据全基因组进化特色的分析,新型冠状病毒与蝙蝠-非典类似病毒的基因序列高度重合,显示该病毒是冠状病毒进化的结果,而非人工合成。
本文编辑:dorili
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参考文献
1.https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1.full.pdf+html
2.https://massivesci.com/notes/wuhan-coronavirus-ncov-sars-mers-hiv-human-immunodeficiency-virus/
3.https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov
4.J Med Virol. 2020 Jan 22. doi: 10.1002/jmv.25682.
5.Lancet. 2020 Jan 24. pii: S0140-6736(20)30186-0. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30186-0.
6.Infect Genet Evol. 2020 Jan 28:104212. doi: 10.1016
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